Le professeur Gerstein est titulaire de la chaire Albert Williams d’Informatique Biomédicale, de Biophysique & Biochimie Moléculaire et d’Informatique à l’Université de Yale. Ses recherches consistent à appliquer des approches quantitatives telles que l’exploration de données et la simulation à des problèmes de biologie moléculaire. Il s’intéresse plus particulièrement à l’annotation du génome humain, aux réseaux moléculaires et à la géométrie macromoléculaire.
Nous faisons de la recherche en bio-informatique, en appliquant des approches computationnelles à des problèmes de biologie moléculaire. De manière générale, nous nous intéressons aux analyses à grande échelle des séquences génomiques, des structures macromoléculaires et des ensembles de données de génomique fonctionnelle. On espère que ces analyses nous permettront d’aborder un certain nombre de questions statistiques générales sur les macromolécules, relatives à leurs propriétés physiques, leur fonction cellulaire, leurs interactions et leur distribution phylogénétique. Nous nous concentrons particulièrement sur le génome et le protéome humains. Nos recherches font appel à un certain nombre de techniques quantitatives, notamment la conception de bases de données, l’exploration systématique de données et l’apprentissage automatique, la visualisation de données de grande dimension et la simulation moléculaire. Plus précisément, nous nous concentrons sur trois questions. Tout d’abord, nous nous intéressons à l’annotation de la séquence brute du génome humain, en particulier à la caractérisation des vastes régions intergéniques. Ensuite, nous essayons d’obtenir la fonction de tous les gènes codés par le génome. Ici, nous essayons de caractériser la fonction à grande échelle grâce à l’utilisation de réseaux moléculaires. Enfin, pour le groupe de gènes codant pour des protéines qui ont des structures 3D connues, nous essayons de voir comment leur fonction est assurée par le mouvement et comment le mouvement peut être prédit à partir de la géométrie du packaging.